在新赛季的亚冠二级联赛，上海申花遭遇上赛季亚冠精英联赛亚军町田泽维亚，但与两支东南亚球队同分一组，上海申花有望打破中超球队从未晋级亚冠二级联赛淘汰赛的魔咒。然而，三线作战的申花是否会在亚冠全力以赴还是未知数。
在 2025-26 赛季亚冠精英联赛，上海申花 8 战仅取得 1 胜 1 平 6 负的成绩，在东亚区排名第 11 位，仅高于上海海港。在上赛季获得中超亚军之后，申花得以出战亚冠二级联赛。
然而，抽签嘉宾范志毅将申花抽到了 G 组，也抽到了东亚区最强的町田泽维亚。上赛季亚冠精英联赛，申花 0 比 2 负于町田泽维亚。不仅如此，町田泽维亚上赛季战胜了上海海港、上海申花、成都蓉城三支中超球队，而且最终杀入决赛，仅仅以 0 比 1 的比分负于吉达国民。
此外，申花抽到了柴桢（柬埔寨）、淡滨尼流浪（新加坡）两支东南亚球队，这将是两场真正的遭遇战。以实力来看，申花有望与町田泽维亚携手晋级。
值得一提的是，在亚冠二级联赛改制之后，浙江队、北京国安都未能晋级淘汰赛，上海申花能否打破从未跻身亚冠二级联赛淘汰赛魔咒也还是未知数。
在换帅之后，上海申花面对着一系列的困难。首先，申花将中超、足协杯、亚冠三线作战，体能、状态将面对极大考验。
其次，在换帅之后，米洛耶维奇需要一定的时间来熟悉球员、贯彻自己的战术打法，但由于赛程紧密，申花新帅很难得到调整战术的时间。
第三，亚运会将在 9 月 19 日到 10 月 4 日进行，记者杨翼透露，"在 9 月初联赛暂停后，申花队依然有多名球员将被国字号球队抽调，尤其是球队中坚力量朱辰杰和吴曦，将极大可能被抽调进亚运男足国家队，备战和参加名古屋亚运会。"
在 2025-26 赛季的亚冠精英联赛，多线作战的申花就分身乏术，三线的成绩都受到了影响，联赛再次拿到亚军，亚冠则排名东亚区倒数第二位，足协杯则止步八强。
从实际情况来看，申花本赛季的最大目标是冲击足协杯冠军、中超保级，亚冠则再一次成了"鸡肋"。杨翼分析，"还是期待申花以自身目标为重，根据自身的实际情况，在三线作战中，做出正确的取舍，避免最惨痛的结果。"
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